أربعة عشر عامًا بعد التأثير الثالث، أصبحت الأرض أرض قاحلة ومدمرة تماما، والحضارة البشرية في حالة خراب، والناس الذين يعرفهم "شينجي إيكاري" لا يمكن التعرف عليهم تقريبًا.

بعد أن كان محاصرًا داخل "الوحدة 01"، تم إنقاذه من الفضاء بواسطة "أسوكا لانجلي شيكينامي" و"ماري ماكينامي"، فقط ليجد نفسه سجينًا لـ"وييل"، أسطول عسكري بقيادة ولية أمره السابقة "ميساتو كاتسوراغي".

يشعر حلفاءه السابقون بالريبة والمرارة، ويرفضون دعمه عندما يرغب في التعامل مع عواقب أفعاله..

"راي أيانامي" تنقذ "شينجي" المتألم والمرتبك من "وييل" وتعيده إلى مقر "نيرف".

هناك، يلتقي سريعًا مع "كاورو ناجيسا" الغامض ويصادقه.

يقدم له الدفء والبصيرة في حالة حرب "نيرف" مع الملائكة.

لكنها فترة راحة قصيرة لـ"شينجي" و"كاورو" حيث هناك معركة جديدة قادمة سيجد فيها "شينجي" أن أعداءه لم يعودوا الملائكة بل رفاقه السابقين.

في هذه المواجهة المريرة لتحديد مستقبل العالم، سيتعلم "شينجي" بشكل مباشر أن الماضي لا يمكن التراجع عنه.

في عالم مدمر، آخر مستوطنة للبشرية متبقية في اليابان هي مدينة طوكيو 3 شديدة التحصين.

تم إحضار "شينجي إيكاري" البالغ من العمر أربعة عشر عامًا إلى مقر "نيرف"، وهي منظمة سرية يقودها والده المنفصل عنه "غيندو".

يطلب من "شينجي" أن يصبح طيارًا لـ"إيفانجيليون"، وهو روبوت ضخم تم بناؤه لمحاربة المخلوقات الفضائية الوحشية والمدمرة المعروفة باسم "الملائكة" والتي تدمر الكوكب وتهدد بقاء الجنس البشري.

على الرغم من تردده في البداية، إلا أن "شينجي" يتأثر بفكرة إصلاح الوضع مع والده، ويوافق على المساعدة في مسعى البشرية المحفوف بالمخاطر ضد التهديد من الفضائيين، كطيار للـ"إيفانجيليون" التي تدعى "الوحدة 01".

في خضم ساحة معركة خطيرة، يجب على "شينجي" أن يجد الشجاعة والعزم اللازمين لمواجهة غارات الملائكة قبل فوات الأوان.

عندما يتصاعد خطر الملائكة، يتم دفع القوى البشرية إلى أقصى حدودها، بينما "نيرف" في طليعة النضال.

"شينجي إيكاري" وشريكته "ري" يساعدهما طياران جديدان: "أسوكا لانجلي سوريو" الناري و"ماري إلوستريوس ماكيناميا".

بمساعدة وحدات "إيفانغيليون" الآلية المجهزة بأسلحة مثالية لقتال خصومهم ذوي القوى الوحشية، تقاتل الأرواح الشابة الأربعة بيأس لحماية أحبائهم ومنع وقوع الكارثة الوشيكة.

ولكن عندما يتم الكشف عن أسرار مذهلة، هل سيكون التحدي الأكبر للأبطال هو الوحوش … ؟ أم البشرية نفسها؟

بعد محاولة "نيرف" الفاشلة لاستعادة رمح "لونغينوس" وتنفيذ مشروع الآلات البشرية، تم تجنب الدمار الناجم عن التأثير الرابع إلى حد كبير.

في حالة من الفوضى، يسافر "شينجي إيكاري" و"أسكا لانجلي شيكينامي" و"ري أيانامي" إلى "القرية 3"، وهي مستوطنة ناجية غير مدمرة.

هناك، يتعايش "شينجي" ببطء مع ماضيه، ويطور حياة مختلفة تمامًا عن أيامه كطيار "إيفانغيليون".

في الوقت نفسه، تقوم "نيرف" بالاستعدادات لمواصلة مشروع الآلات بالاعتماد على تأثير جديد.

عندما وصلت البارجة الجوية الرئيسية الخاصة بـ"ويل" إلى القرية، قرر "شينجي" الصعود على متنها، معتقدًا أنه يستطيع المساعدة من خلال قيادة "إيفانغيليون".

مع الكشف عن أسرار جديدة واقتراب معركة بين "ويل" و"نيرف"، فإن مستقبل الأرض معلق بينهما.

هل يستطيع "شينجي" إنقاذ البشرية وبقية العالم للمرة الأخيرة ؟